История Воскресенского Новоиерусалимского монастыря тесно связана с памятью его основателя — Святейшего Патриарха Никона. Обитель эта была любимейшей из 3-х основанных Патриархом монастырей: Иверского, Крестного и Воскресенского. Здесь он прожил более 8-ми лет после своего удаления из Москвы, и все свои силы употребил на воплощение своего замысла – создать в Подмосковье точное подобие знаменитого Иерусалимского храма Воскресения Господня, чтобы дать возможность русскому народу созерцать места спасительных страстей и Воскресения Христова, не подвергаясь дорогостоящему и небезопасному путешествию на Ближний Восток.
В XIX и в начале ХХ века монастырь был одним из самых популярных центров паломничества, число его посетителей особенно возросло после проведения поблизости от него Николаевской, а затем Рижской железных дорог. В 1913 году монастырь посетило около 35 000 человек, на средства монастыря были построены дом для бедных паломников и гостиницы. О постоянном внимании Императорской семьи к монастырю и в это время свидетельствуют богатые вклады в ризницу.
В июле 1919 года по решению Звенигородского уездного съезда советов Воскресенский монастырь был закрыт а его имущество национализировано.
В декабре 1941 года Новый Иерусалим оказался в зоне ожесточенных боев за Москву, здания монастыря сильно пострадали, некоторые были полностью разрушены, сведения о разрушениях в Новом Иерусалиме фигурировали в Нюренбергском процессе. Начиная с 50-х годов в Монастыре велись активные реставрационные работы, в результате которых архитектурный комплекс монастыря был поднят из руин.
23 июля 2008 года Новый Иерусалим посетили Святейший Патриарх Алексий II и бывший президент России Д.А. Медведев. Они осмотрели сооружения обители, и, убедившись в том, как много еще предстоит сделать для возрождения прежней красоты монастыря, приняли решение о создании Благотворительного фонда по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря, и согласились стать сопредседателями его Попечительского Совета.