В 1360 году, на берегу Москвы–реки, недалеко от Кремля по благословению великого святителя Алексия — митрополита Московского, основан Зачатьевский (Алексеевский) женский монастырь. В народе монастырь прославился как место, где Божией благодатью подается помощь в рождении детей. Посещали святую обитель и бездетные супруги царь Феодор Иоаннович и царица Ирина Годунова. В 1584 году царь Феодор, получив благословение святителя Иова, по обету восстанавливает Зачатьевский монастырь. Был отстроен соборный комплекс, состоящий из храма Зачатия святой праведной Анны с приделами во имя небесных покровителей царственной четы — великомученика Феодора Стратилата и мученицы Ирины, и церкви Рождества Пресвятой Богородицы с приделом святителя Алексия, митр. Московского и шатровой колокольней. Господь послал благочестивому государю дочь Феодосию.
На рубеже XVIII — XIX веков облик обители значительно преобразился. Вместо обветшавшего старого был воздвигнут новый величественный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы ( 1805-1807 гг.). Строительство велось усердными искусными мастерами под руководством знаменитых русских архитекторов.
Во время французского нашествия 1812 года монастырь был разорен, но вскоре был восстановлен. В Соборе находилась святыня обители – чудотворная икона Божией Матери «Милостивая», перед которой совершались молебные пения с акафистом. Ради заботы о престарелых немощных монахинях в 1846-1850 гг. по благословению святителя Филарета Московского был возведен небольшой храм в византийском стиле, в честь Сошествия Святого Духа с богадельней. В начале XX века обитель украсилась еще одним строением-Новым трапезным корпусом с просторной трапезной палатой и мастерскими для монастырских рукоделий.
В 1925 г. обитель была закрыта, насельницы изгнаны, святыни преданы поруганию. Чудотворный образ Божией Матери «Милостивая», а также некоторые другие святыни удалось спасти, перенеся их в храм Пророка Божия Илии, что в Обыденском переулке. В 1934 г. Собор и колокольня были взорваны, другие храмы и строения разрушены или перестроены. На месте собора было построено здание школы.
Священнослужители и многие насельницы монастыря претерпели гонения. Небольшая общинка уцелевших Зачатьевских сестер продолжила монастырскую жизнь при храме пророка Илии в Обыденском переулке. В 1991 году Сестринством во имя Милостивой иконы Божией Матери при Ильинском храме были начаты труды по возрождению монастыря.